Atabey Lab
Tümör mikroçevresi; kanser hücreleri, fibroblastlar, endotel hücreleri, lökositler ve antijen sunan hücreler dahil olmak üzere birçok hücre tipinden ve stromal elemanlardan oluşan karmaşık bir sistemdir. Tümör hücreleri ile tümör mikroçevresi arasındaki etkileşimler kanser gelişiminden, nüks ve metastaz oluşumuna ve tedaviye yanıta kadar karsinogenezin tüm basamaklarında önemli bir rol oynamaktadır. Tümör mikroçevresinde gerçekleşen etkileşimlerin hücresel, moleküler ve biyokimyasal temellerinin anlaşılması kanser tanısında ve tedavisinde ilerlemeler için vazgeçilmezdir.
Tümör stromasının kompozisyonundaki, hücre-hücre ve hücre-matriks etkileşimlerindeki ve metabolik süreçlerdeki yapısal ve hücresel etkileşimlerinin anlaşılması özellikle kanser invazyon ve metastaz mekanizmalarının aydınlatılmasının anahtarıdır. İZTÜ Galen Araştırma Merkezi’nde “Tümör-Mikroçevre Etkileşimleri ve Metastaz Araştırma Grubu” (Tumor-Microenvironment Interactions & Metastasis Research Group), metastatik nişteki stres koşullarının tümör hücrelerin kolonizasyonunu ve organ spesifik metastazı nasıl etkilediğini anlamayı amaçlamakta, tümör mikroçevresindeki stromal hücreler ile tümör hücreleri arasındaki etkileşimlerin, başta kolon kanseri karaciğer metastazları olmak üzere, organ spesifik metastaz gelişimi süreçlerindeki rollerini keşfetmeye yönelik araştırmalar yürütmektedir. Kanser hücre hatları ile oluşturulan in vitro 2D ve 3D ko-kültür modellerinin yanısıra, primer dokular kullanılarak geliştirilen ex-vivo modeller ile yapılan bu çalışmaların metastatik kanserlerde tümör mikroçevresini hedefleyen tedaviler geliştirilmesine katkı sağlaması hedeflenmektedir.
Çalışmalarımız TÜBİTAK ve TÜSEB gibi fonlayıcı kuruluşlarının proje destekleri ile fonlanmaktadır.
1984 yılında Hacettepe Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümünde lisans eğitimi tamamlayan Prof. Atabey, doktora eğitimini 1990 yılında tamamlayarak PhD ünvanını almıştır. Doktora sonrası araştırmalarını ABD’de Bethesda’da yer alan “National Institute of Health, National Cancer Institute, Laboratory of Cellular and Molecular Biology” de tamamlamıştır. Araştırmalarına Dokuz Eylül Üniversitesi, Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji ve Genetik Anabilim dalında öğretim üyesi olarak devam eden Dr. Atabey, 2001- 2018 yılları arasında DEÜTF Tıbbi Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı’nda Profesör olarak görev yapmıştır. Bu süreçte kanser progresyonunda rol oynayan sinyal yolaklarını belirlemeye yönelik araştırmalar sürdürmüş, aynı zamanda Anabilim dalı Başkanlığı, DEÜ Tıp Fakültesi Dekan yardımcılığı, DEÜ Sağlık Bilimleri Enstitüsünde Müdür yardımcılığı, gibi idari görevler üstlenmiştir. 2013- 2018 yılları arasında DEÜTF Tıbbi Biyoloji Ab dalındaki görevinin yanı sıra DEÜ, İzmir Biyotıp ve Genom Uygulama Araştırma Merkezinin kuruluşu sürecinde Müdür yardımcısı olarak görev yapmıştır. 2014 yılından bu yana “European Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructures (BBMRI-ERIC)” Ulusal Koordinatörüdür. Bu kapsamda EU ve Türkiye’de araştırma biyobankalarının oluşturulması ve standardizasyonuna yönelik çalışmalar sürdürmektedir.
Araştırmaları, hepatosit büyüme faktörü (HGF) ve tirozin kinaz reseptörü -c-Met - ile diğer sinyal molekülleri arasındaki potansiyel karşılıklı etkileşimin kanser invazyonu ve metastazında ve tedavi direncindeki rolünün tanımlanmasına odaklanmış olup, SCI/SCIE kapsamındaki dergilerde bu konuda yayınlanmış 50 den fazla araştırması, hücre motilitesi, invazyonunu ve anjiogenezini inhibe eden molekülleri tanımlayan 3 uluslararası patenti vardır.
Yayınları: scholar.google.com.tr
Tümör-Mikroçevre Etkileşimleri ve Metastaz Araştırma Grubu Laboratuvar Direktörü Prof. Dr. Neşe Atabey, Tınaztepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı Öğretim Üyesi olup, kısmi zamanlı olarak 6550 sayılı kanun kapsamında görevlendirme ile İzmir Biyotıp ve Genom Merkezi’nde (İBG) araştırma grup lideri olarak görev yapmaktadır (ibg.edu.tr).
Dr. Peyda Korhan Türkiye'de Biyoloji alanında birinci sınıf onur derecesi elde etti, ardından 2002 yılında Birleşik Krallık'ta Biyomedikal Bilimlerde Yüksek Lisansını tamamladı. Akademik yolculuğu, Dokuz Eylül Üniversitesi'nde Tıbbi Biyoloji ve Genetik alanında doktora yapmasıyla devam etti. Daha sonra, aynı bölümde Prof. Dr. Neşe Atabey danışmanlığında 2007-2014 yılları arasında hepatoselüler karsinom (HCC) alanında doktora sonrası araştırmalar yaptı. Kariyeri boyunca Dr. Korhan, Queen Mary, University of London'da Mühendislik ve Malzeme Bilimleri Okulu'nda ziyaretçi araştırmacı olarak görev yaptı ve terapötik moleküllerin hücresel iletimi için nanoparçacıklar tasarlamaya odaklandı. Araştırmaları, pankreatik duktal adenokarsinom (PDAC) üzerine yoğunlaşarak devam etti ve 2015 yılında İngiltere'deki ANH International grubuyla işbirliği yaparak Londra'daki Imperial College'da araştırma görevlisi olarak görev aldı. Daha sonraki yıllarda Dr. Korhan, İngiltere'deki ANH International tarafından denetlenen grupta gönüllü olarak çalışarak 2016-2018 yılları arasında PDAC üzerine araştırmalarına devam etti. 2018 ve 2023 yılları arasında İzmir Biyotıp ve Genom Merkezi'nde Prof. Dr. Neşe Atabey'in denetiminde bir grup içinde araştırmacı olarak görev yaptı. 2023 yılı itibarıyla Dr. Peyda Korhan, İzmir Tınaztepe Üniversitesi'nde Dr. Öğretim Üyesi olarak görev yapmakta olup, akademik ve araştırma çalışmalarına devam etmektedir.
Yayınları: scholar.google.com.tr
2004-2008 yılları arasında Orta Doğu Teknik Üniversitesi (ODTÜ) Biyoloji Bölümü’nde Lisans eğitimini tamamlayan Dr. Gülhas Solmaz, Yeditepe Üniversitesi Biyoteknoloji programından 2011 yılında Yüksek Lisans derecesini (MSc) almıştır. Yüksek lisans eğitimi süresince mikrobiyoloji, moleküler biyoloji, anaeorobik mikroorganizmalar ve biyofilm oluşumu üzerine çalışmalar yapmıştır. 2011-2016 yılları arasında Almanya’nın Hannover şehrinde bulunan Hannover Tıp Okulu (Medizinische Hochschule Hannover) Enfeksiyon Biyolojisi Doktora Programı kapsamında, immünoloji alanında başarılı bir bilim insanı olan Prof. Dr. Tim Sparwasser’ın araştırma grubunda doktora çalışmalarını yürütmüştür. Doktora eğitimi süresince immünoloji, viroloji, fare deneyleri ve moleküler biyoloji alanlarında uzmanlaşan Gülhas Solmaz, 2016 yılının başlarında doktora çalışmalarını başarılı bir şeklide tamamlayarak “Doktor (PhD)” ünvanını almıştır. Dr. Solmaz, Haziran 2017 – Kasım 2021 tarihleri arasında Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Türkiye Biyoteknoloji Enstitüsü’nde Araştırmacı olarak çalışmıştır. Aralık 2021 – Kasım 2022 tarihindeİzmir Tınaztepe Üniversitesi Galen Araştırma Merkezi’nde Uzman olarak görev yapmıştır. Kasım 2022 tarihi itibariyle, İzmir Tınaztepe Üniversitesi Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu Tıbbi Laboratuvar Teknikleri programında Dr. Öğretim Üyesi olarak görev yapmakta ve aynı zamanda Prof. Dr. Neşe Atabey ile Galen Araştırma Merkezinde tümör mikroçevresi ve kanser agresifliği üzerine çalışmalar yürütmektedir.
Yayınları: scholar.google.com.tr
1982 İzmir doğumludur. 2000-2005 yılları arasında Ege Üniversitesi Biyoloji Bölümü’nde Lisans eğitimini tamamlamıştır. 2005 yılında Buca Tıp Merkezi Laboratuvarı’nda başladığı iş hayatına, 2013-2021 yılları arası laboratuvar ve transfüzyon merkezi sorumlusu olarak Tınaztepe Hastanesi’nde devam etmiştir. Mart 2021 itibariyle İzmir Tınaztepe Üniversitesi’nde laboratuvarlar sorumlusu ve Prof. Dr. Neşe Atabey’in araştırma grubunda biyolog olarak kısmı zamanlı çalışmaktadır.
1999 İzmir doğumludur. 2017’de İzmir Atatürk Lisesinden mezun olup lisans eğitimine İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsünde Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünde başlamıştır. 2022 yılında Dokuz Eylül Üniversitesi Biyotıp ve Genom Enstitüsünde Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri alanında yüksek lisans eğitimine başlamıştır. Prof. Dr. Neşe Atabey’in ekibine Kasım 2022’de dahil olmuş ve çalışmalarını Temmuz 2023’ten itibaren Galen Araştırma Merkezinde devam ettirmektedir.
Proje Personelleri |
|
Yasemin ÖZTEMUR ISLAKOĞLU |
Doktora Sonrası Araştırmacı; scholar.google.com.tr |
Yeliz YILMAZ |
Doktora Sonrası Araştırmacı; scholar.google.com.tr |
Ezgi BAĞIRSAKÇI |
Doktora Öğrencisi |
- Korhan P, Tercan Avcı S, Yılmaz Y, Öztemur Islakoğlu Y, Atabey N. Role of Biobanks for Cancer Research and Precision Medicine in Hepatocellular Carcinoma. J Gastrointest Cancer. 2021 Dec;52(4):1232-1247. doi: 10.1007/s12029-021-00759-y. Epub 2021 Nov 22. PMID: 34807351.
- Ekin U, Yuzugullu H, Ozen C, Korhan P, Bagirsakci E, Yilmaz F, Yuzugullu OG, Uzuner H, Alotaibi H, Kirmizibayrak PB, Atabey N, Karakülah G, Ozturk M. Evaluation of ATAD2 as a Potential Target in Hepatocellular Carcinoma. J Gastrointest Cancer. 2021 Dec;52(4):1356-1369. doi: 10.1007/s12029-021-00732-9. Epub 2021 Nov 5. PMID: 34738187.
- Cooper, G.M., (2019), “Hücre Moleküler Yaklaşım, Uluslararası Sekizinci Baskı”. Çeviri Editörleri E. Kalay, N. Atabey, Öztürk, Oxford University Press, Oxford, İngilitere.
- Yılmaz Y, Batur T, Korhan P, Öztürk M, Atabey N. Targeting c-Met and AXL Crosstalk for the Treatment of Hepatocellular Carcinoma, in Liver Cancer in the Middle East, S Springer International Publishing ,Switzerland, 2021, BI. Carr (Ed.)
- Yilmaz Y, Atabey N. The role of c-Met inhibition in overcoming insulin receptor mediated tyrosine kinase activation in liver cancer, Cell Symposia: Metabolites in Signaling and Disease, Abstract no:CMET2022-229, Lisbon, Portugal, 3-5 April, 2022.
1. Proje adı: Karaciğer Metastazı Gelişiminde HGF/C-Met Yolağının Rolünün Tümör Mikroçevresini İçeren Koşullarda İncelenmesi
Proje tipi: TÜBİTAK 1001 destekli proje
Proje Yürütücüsü: Prof. Dr. Neşe ATABEY
Yürütücü Kuruluş: İzmir Biyotıp ve Genom Merkezi (İBG)
Katkı Sağlayan Kuruluşlar: Ege Üniversitesi, İzmir Tınaztepe Üniversitesi
Proje Ekibi: Prof. Dr. Neşe Atabey, Prof. Dr. Funda Yılmaz Barbet, Prof. Dr. Deniz Nart, Doç. Dr. Murat Sezak, Doç. Dr. Alper Uğuz, Doç. Dr. Ömer Vedat Ünalp, Doç. Dr. Tayfun Yoldaş, Dr. Gülçin Çakan Akdoğan, Dr. Peyda Korhan.
2. Proje adı: Hepatoselüler Karsinomada Tümör Mikroçevresinde Bulunan Stellat Hücrelerindeki HGF Geni Promotör Bölgesi DATE Polimorfizmlerinin Tümör Agresifliği ile İlişkisi
Proje tipi: TÜBİTAK 2218 destekli proje
Araştırmacı: Dr. Gülhas SOLMAZ
Proje Danışmanı: Prof. Dr. Neşe ATABEY
Yürütücü Kuruluş: İzmir Biyotıp ve Genom Merkezi (İBG)
Katkı Sağlayan Kuruluş: İzmir Tınaztepe Üniversitesi
İzmir Tınaztepe Üniversitesi
Galen Araştırma Merkezi
Aydoğdu Mah. 1267/1 Sk. No:4 Buca/İzmir